Flå kommune har vært organisert etter To-nivå-modellen «Flat struktur» siden 2002.
Nivåene består av kommunedirektør med rådgivere i stab/støtte og enhetene.
Kommunen har fire enhetsledere som har resultatansvar for drift. Enhetslederne har overordnet ansvar for fag – personal – økonomi i sin enhet.